Trong kháng chiến chống Pháp, làng nhập với các làng Thọ Am, Nhị Châu, Phương Nhị thành một xã mang tên Liên Ninh. Hòa bình lập lại, xã Liên Ninh thuộc huyện Thanh Trì, đến năm 1961, xã được cắt về huyện Thường Tín, tỉnh Hà Đông (năm 1965 là tỉnh Hà Tây, năm 1975 là tỉnh Hà Sơn Bình). Đến đầu năm 1979, xã Liên Ninh được cắt về huyện Thanh Trì, thành phố Hà Nội.

Yên Phú nằm ven Quốc lộ 1, có sông Kim Ngưu chảy qua nên rất tiện cho giao lưu hàng hóa. Đây là một làng cổ, hình thành từ thuở các Vua Hùng dựng nước. Theo thần phả ghi lại, vào thời Hùng Vương thứ 18, có bà Phương Dung quê ở làng Lưu Xá, phủ Nghĩa Hưng, đạo Sơn Nam lớn tuổi mà không chịu lấy chồng, chỉ mộ đạo Phật. Một ngày, bà đến làng Tráng (Yên Phú) thấy cảnh non nước hữu tình, bèn vào chùa Thanh Vân của làng xin tu. Một đêm, bà nằm mộng thấy thần nhân hiện lên báo sẽ có hai vị thủy thần xin làm con nuôi bà để đánh đuổi giặc ngoại xâm. Hôm sau bà ra bờ sông Kim Ngưu, thấy hiện lên hai quả trứng khác thường, bèn đem về, sau nở thành hai chàng trai, đầu người mình rắn, thân da đầy vảy. Bà Phương Dung đặt tên là Trung Vũ và Đài Liệu. Hai chàng lớn nhanh như thổi, chẳng mấy năm đã trở thành tráng sĩ võ nghệ cao cường.

Khi Hai Bà Trưng dấy quân khởi nghĩa, bà Phương Dung cùng hai người con nuôi chiêu mộ 25 tráng sĩ người làng Yên Phú và hàng trăm nghĩa binh ở các nơi lên Hát Môn theo Hai Bà đánh giặc Hán. Giặc tan, bà Phương Dung cùng hai người con nuôi xin trở về thăm làng Yên Phú. Về gần đến làng, trên đoạn sông Kim Ngưu, bỗng có cơn giông nổi lên, bà Phương Dung cùng hai chàng Trung Vũ và Đài Liệu cùng hóa về trời. Hai Bà nghe tin, lấy làm thương tiếc, phong cả ba người làm Phúc thần, sức cho làng Yên Phú thờ. Bà Phương Dung còn được phong làm Phật tổ chùa Thanh Vân (chùa đã được xếp hạng năm 1989). Hội làng trước đây diễn ra vào các ngày 22 tháng Năm (ngày sinh Trung Vũ và Đài Liệu), mồng 7 tháng Một (ngày hóa của các vị thần).

Dân làng Yên Phú trước đây làm ruộng kết hợp với buôn bán. Ruộng đất trong làng hầu hết là ruộng công, 6 năm chia lại một lần, vào ngày mồng 7 tháng Giêng, mỗi suất đinh được 2 sào (các cụ từ 60 tuổi trở lên được 2 sào 5 thước).

Làng Yên Phú là quê hương của nhà tư sản Bạch Thái Bưởi (1874 - 1932). Xuất thân trong một gia đình nông dân, ông học chữ Quốc ngữ, chữ Pháp, ra Hà Nội làm thư­ ký cho các hãng buôn, tiếp thu dần các kinh nghiệm quản lý của ngư­ời Pháp, rồi đứng ra làm đại lý cung cấp gỗ cho Sở Hỏa Xa, sau đó chuyển sang kinh doanh vận tải trên các sông ở miền Bắc, ra cả biển và vươn tới cả Sài Gòn, Hông Kông. Ông còn đầu t­ư vào ngành khai thác mỏ lúc đó là độc quyền của tư­ bản Pháp và kinh doanh cả bất động sản, thành lập nhà in Đông Kinh ấn quán, xuất bản tờ báo Khai hóa nhằm góp phần mở mang dân trí, cổ động cho phong trào đi vào kinh doanh và bảo vệ quyền lợi của giới công thư­ơng dân tộc. Ông là biểu tư­ợng cho khát vọng vươn lên làm giàu, chấn hư­ng nền kinh tế đất nước, đưa Việt Nam trở thành quốc gia hùng mạnh.

TS. Bùi Xuân Đính