Theo cáo trạng, Nguyễn Quốc Quân sinh ngày 20/11/1953 tại Hà Nội, theo gia đ́nh di cư vào Nam năm 1954, vượt biên rồi định cư ở Mỹ năm 1981. Năm 1986, Quân gia nhập "Mặt trận quốc gia thống nhất giải phóng Việt Nam" - là tiền thân của tổ chức khủng bố Việt Tân, do Hoàng Cơ Minh cầm đầu. Đến năm 1999, Nguyễn Quốc Quân được Việt Tân kết nạp là thành viên chính thức.

Sau khi Hoàng Cơ Minh cùng đồng bọn bị bộ đội, dân quân cách mạng Lào bắn chết trong lúc xâm nhập đất Lào, t́m đường vào Việt Nam để tổ chức vũ trang bạo loạn, lật đổ chính quyền, đầu năm 2007, bọn cầm đầu Việt Tân lập ra một kế hoạch, gọi là "kế hoạch sang sông", đưa người về Việt Nam dưới h́nh thức thăm thân nhân, du lịch, đồng thời cho người xâm nhập trái phép qua ngả biên giới Việt Nam - Campuchia để thiết lập một đường dây nhằm mục đính vận chuyển vũ khí, chất nổ vào Việt Nam, tiến hành khủng bố.

Để thực hiện kế hoạch này, Việt Tân cử Nguyễn Thị Thanh Vân, Việt kiều Pháp, Trương Văn Sỹ (tức Trương Leon), Việt kiều Mỹ  - cả hai đă bị Cơ quan An ninh Việt Nam bắt, và đă bị trục xuất, cùng Nguyễn Hải (tức Khumni Somsak, Nguyễn Quang Phục), Việt kiều Thái Lan nhập cảnh Việt Nam bằng đường chính thức, rồi tiếp xúc với Nguyễn Thế Vũ - là cơ sở Việt Tân trong nước để lấy truyền đơn Vũ in ra từ email do bọn Việt Tân ở nước ngoài gửi về, nội dung kêu gọi lật đổ chính quyền, tán phát. Riêng Nguyễn Quốc Quân, từ Campuchia, Quân dùng giấy căn cước Campuchia giả mạo mang tên Ly Seng, xâm nhập Việt Nam trái phép qua đường cửa khẩu Mộc Bài, tỉnh Tây Ninh.