Dựa theo nguyên tắc bốc thăm, trên lư thuyết có khả năng xảy ra sự chênh lệch đáng kể ở 2 bảng (có thể có 3 đại diện V-League nằm chung 1 bảng). Tuy nhiên, điều này đă không xảy ra.

ĐKVĐ Khánh Ḥa sẽ bắt đầu chiến dịch bảo vệ ngôi vô địch của ḿnh bằng trận mở màn với H.Huế, trong khi chủ nhà B́nh Định sẽ gặp An Giang ở ngày khai mạc.

Cụ thể, 2 bảng như sau: B.B́nh Định, SHB.Đà Nẵng, An đô An Giang, Đồng Nai (bảng A); K.Khánh Ḥa, ĐPM.Nam Định, H.Huế, CLB TP.HCM (bảng B).

Nhằm tăng tính hấp dẫn, chất lượng các trận đấu, giải năm nay có những thay đổi ở liều lệ khi các cầu thủ từng tham gia đá ở ṿng loại (nhưng đội không giành vé vào VCK) th́ vẫn có thể góp mặt trong màu áo của đội khác theo dạng cho mượn tăng cường.

Ngoài ra, tổng giải thưởng cũng tăng lên. Cụ thể, đội Vô địch sẽ nhận phần thưởng 200 triệu đồng, hạng Nh́ (100 triệu đồng) và đồng hạng 3 (60 triệu đồng/đội), Giải phong cách (40 triệu đồng). Bên cạnh đó c̣n có các giải cá nhân như Cầu thủ xuất sắc nhất trận đấu, Cầu thủ xuất sắc nhất giải, Vua phá lưới, Thủ môn xuất sắc nhất.

VCK U-21 báo Thanh Niên 2008 sẽ chính thức khai mạc vào chiều 4/9 và trận chung kết sẽ diễn ra vào lúc 15h00 ngày 14/9. Để kết quả thực sự khách quan, lượt đấu cuối cùng ṿng bảng sẽ được tổ chức cùng giờ trên 2 sân khác nhau.